Harmstorf ist eine Gemeinde im Landkreis Harburg in Niedersachsen. Sie gehört der Samtgemeinde Jesteburg an, die ihren Verwaltungssitz in der Gemeinde Jesteburg hat.
Harmstorf liegt nördlich des Naturparks Lüneburger Heide und südlich der Elbe in den östlichen Ausläufern der Harburger Berge. Der Fluss Seeve bildet auf einigen Kilometern die östliche Gemeindegrenze. Harmstorf grenzt im Uhrzeigersinn an Seevetal, Bendestorf und Rosengarten.
Die Landesgrenze zur Freien und Hansestadt Hamburg liegt rund sieben Kilometer nördlich von Harmstorf, die Hamburger Innenstadt ist etwa 23 Kilometer entfernt. Die Entfernung zur Kreisstadt Winsen beträgt rund 15 Kilometer in östlicher Richtung, die Hansestadt Lüneburg ist etwa 30 Kilometer von Harmstorf entfernt.
